基希讷乌已有500多年的历史.其地名的含义是“源头”， 表示这里是摩尔多瓦民族的发源地。

早在1466年，摩尔多瓦斯特凡大公三世在对大贵族的封赏令中就曾提到基希讷乌，这时基希讷乌还只是一个村落。在封赏令中，大公确认了大贵族弗拉依库尔对基希讷乌的所有权。在很长一段时间里，基希讷乌是大贵族的世袭领地，它远离贸易通道，城市发展缓慢。从1641年开始，基希讷乌由修道院管辖。17世纪下半叶，基希讷乌初具城市规模。1757年，宗教界在离贝克河不远的山坡上建起玛扎尔基辅修道院，形成基希讷乌的政治中心。在19世纪初，基希讷乌曾有一个由40个泉眼组成的喷泉，清凉甘甜的泉水孕育这座城市发展壮大。1812年，比萨拉 比亚并人俄罗斯以后，基希讷乌成为摩尔多瓦的经济中心。历史上，基希讷乌曾三次（1690年、1773年、1788年）被鞑靼人和土耳其人烧毁，第二次世界大战期间又遭到法西斯的破坏。但是基希讷乌始终没有灭亡，它像凤凰涅槃一样再生。